Duurzame havens wordt vormgegeven via een 'ambtelijk en bestuurlijk' afstemmingsoverleg. Dit afstemmingsoverleg, 2 á 3 keer per jaar, is bedoeld om casussen te bespreken die een intrinsiek dilemma vormen tussen economische ontwikkeling en duurzaamheid, o.a. circulaire economie, klimaatverandering, vervuiling, water en mariene bronnen, biodiversiteit en materiaalgebruik.